酸化土壤，誘發各種根際病害和病毒病

　　由于雞糞pH值約在4左右，屬于極酸性，會酸化土壤，致使莖基部和根部組織遭受化學創傷和嚴重破壞，給雞糞攜帶的大量病毒病菌、土傳性帶病細菌、病毒提供了入口和浸染機會，在濕度和溫度一旦達到就會爆發病害。

　　使用發酵不徹底雞糞，極易造成植株萎蔫，黃枯，萎縮不長，無花無果，甚至死亡;病毒病，疫病，莖基腐病，根腐病，青枯病成為使用雞糞最明顯的后遺癥。

　　滋生根結線蟲

　　雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高500%倍以上。

　　線蟲對化學藥劑有極為敏感的趨避性，施藥后線蟲會迅速轉移到地下50公分-1.5米的深處躲避，所以很難根治。尤其對于3年以上老棚，根結線蟲是最致命的隱患之一。

　　帶入抗生素，影響農產品安全

　　雞飼養過程中，飼料中含有大量激素，防治病害也會使用抗生素，這些都會通過雞糞帶入土壤，從而影響農產品安全。

　　產生有害氣體，熏棵、死秧

　　產生有害氣體，熏棵、死秧：雞糞在分解過程中產生甲烷、氨氣等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷，更嚴重的是產生的乙烯氣體抑制根系生長，也是燒根的主要原因。

　　連年使用雞糞，造成根系缺氧

　　連年使用雞糞，造成根系缺氧、長勢不旺、雞糞施入土壤中，在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性處于缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。

　　重金屬超標

　　重金屬超標：雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，污染地下水源和土壤，有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。

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